لجئ معظم أهالي صفورية المنفيين إلى الخارج إلى لبنان وسورية والأردن.

في أيلول 1948، أجلت القوات الإسرائيلية الذين تبقوا في القرية. غير أنه، في الأشهر التالية، عاد العديد من الناس إلى القرية، حيث مات العديد من أبنائها أثناء محاولتهم البقاء في بيوتهم.

في 7 كانون الثاني 1948، بعد انتهاء الأعمال القتالية، صدرت أوامر التهجير، التي قضت بأن أي شخص يبقى في القرية بعد 48 ساعة سيتم إطلاق النار عليه.

في عام 1949، تم إنشاء مستوطنات تسبوري وهاشوليم قرب صفورية وعلى أرضها.

وسط الخمسينيات من القرن العشرين، بدأت شركة ميكروت الإسرائيلية بضخ الماء من خزان صفورية المائي من ثلاثة أماكن، لتنتج 5.2 مليون متر مكعب من الماء سنوياً.

في تشرين الثاني 1951، تقدم 87 شخصاً من أبناء صفورية، من الذين بقوا في فلسطين، بعريضة إلى المحكمة الإسرائيلية العليا، للسماح لهم بالعودة إلى القرية. وقد رفضت المحكمة طلبهم، بحجة أن صفورية وأراضيها منطقة عسكرية مغلقة. قدمت هذه العريضة من قبل المحامي علي الزعبي. بعد إلغاء الأحكام العسكرية في تشرين الثاني 1966، وحتى هذا اليوم، لم يسمح لأي شخص من أهالي صفورية بالعودة إلى القرية.  

بعد قرار المحكمة العليا الإسرائيلية، وبهدف وضع حد لأمل أهالي صفورية بالعودة، قام الجيش الإسرائيلي بتدمير القرية، ولم يبق منها سوى عدة بيوت. وقد غطي المكان بغابة صنوبر زرعها الصندوق القومي اليهودي للاحتفال بذكرى عدد من الأشخاص والمناسبات (مثل عيد استقلال غواتيمالا!).

في نهاية الخمسينيات، أنشئ مخيم اليرموك، في دمشق، حيث قطن معظم أهالي صفورية المقيمين في سورية.

في عام 1975، تم إجراء تنقيبات أثرية من قبل جامعة تل أبيب.

في عام 1980، أقيمت مستوطنة آلون هاغليل على أرض صفورية.

في عام 1981، أقيمت مستوطنة هوشعيا على أرض صفورية.

خلال الغزو الإسرائيلي للبنان، عام 1982، دمر الجيش الإسرائيلي مخيم عين الحلوة حيث يعيش معظم أهالي صفورية الذين لجأوا إلى لبنان. وقد زار العديد منهم خلال هذه الفترة صفورية.

في عام 1984، أقيمت مستوطنة شانتون على أرض صفورية.

في عام 1985، بدأت جامعة جنوب فلوريدا تنقيباتها الأثرية.

خلال الثمانينيات والتسعينيات، هاجر العديد من أهالي صفورية هجرة جديدة (ولاسيما اللاجئين في لبنان)، نحو السويد والنرويج والدنمارك ونيوزيلندا واستراليا وكندا والولايات المتحدة الأمريكية وبلاد أخرى. 

خلال التسعينيات، عملت أربع فرق تنقيبات أثرية منفصلة في أرض صفورية: جامعة جنوب فلوريدا، دوك، الجامعة العبرية، وتل أبيب.

في عام 1992، افتتاح حديقة صفورية الوطنية.

في عام 1993، إنشاء جمعية تراث صفورية.

في أيار 1998، احتفل فلسطينيو 1948 بذكرى النكبة في صفورية.